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Na indústria farmacêutica, o ácido propiônico serve como um bloco de construção quiral para a síntese de esqueletos moleculares de fármacos. Ele sofre reações de condensação com tioaminoácidos para preparar precursores de pirazinamida, aumentando a biodisponibilidade de medicamentos antituberculosos para 82%. Na semissíntese de antibióticos cefalosporínicos, atua como um agente acilante para introduzir com sucesso anéis β-lactâmicos, elevando o rendimento de cefoperazona sódica de 63% para 78%. Na rota sintética do novo anticoagulante rivaroxabana, a etapa de condensação cetólica envolvendo ácido propionilacético reduz o custo de produção de intermediários-chave em 27%.